水利水电工程施工的危险源分为一级危险源和二级危险源。

选项A：“正确” - 这一选项暗示水利水电工程施工的危险源只分为一级和二级两个等级。

选项B：“错误” - 这一选项表明水利水电工程施工的危险源分类不止一级和二级。

解析：水利水电工程施工中的危险源实际上分为三级：一级危险源、二级危险源和三级危险源。一级危险源是指可能导致严重事故的因素，二级危险源是指可能导致一般事故的因素，三级危险源则是指可能导致轻微事故或事件的因素。因此，选项A的说法不全面，不能正确反映实际情况。

为什么选这个答案：选择B是因为它正确反映了水利水电工程施工危险源的分类情况，即危险源分为三个等级，而不仅仅是两个。因此，根据危险源的正确分类，选项B是正确的。