行政机关工作人员办理行政许可、实施监督检查时,如有索取或者收受他人财物或者谋取其它利益的,就是贪污犯罪，应处三年以上有期徒刑。

解析：

本题考察的是对行政机关工作人员违法行为的法律定性及相应处罚的理解。

A选项认为行政机关工作人员在办理行政许可、实施监督检查时，如有索取或收受他人财物或谋取其他利益的行为，即构成贪污犯罪，且应处三年以上有期徒刑。这一说法存在两个主要错误：

行为定性错误：行政机关工作人员在办理行政许可、实施监督检查过程中，索取或收受他人财物、谋取其他利益的行为，通常被定性为滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊等行政违法行为，或者可能构成受贿罪，而非贪污罪。贪污罪主要指的是国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的行为。

量刑标准错误：即使该行为构成受贿罪或其他相关犯罪，其量刑标准也并非一律为“三年以上有期徒刑”。具体的量刑会根据犯罪情节、数额大小、社会危害程度等多种因素综合考量。

B选项则正确指出了A选项中的错误，即该行为并不直接等同于贪污犯罪，且量刑标准并非固定为三年以上有期徒刑。

因此，正确答案是B选项。