未经批准擅自取水的，责令停止违法行为，补办取水许可证。

这道题的答案是B（错误），根据中国的水资源管理法律法规，对于未经批准擅自取水的行为，处理措施不仅仅是责令停止违法行为并补办取水许可证。

根据《中华人民共和国水法》以及相关法规，对擅自取水的行为通常会有更为严格的处罚措施。具体的处罚可能包括但不限于：

责令停止违法行为；
补办取水审批手续；
并处以罚款；
情节严重的，可能会没收违法所得，并由相关部门吊销其取水许可证；
构成犯罪的，依法追究刑事责任。

因此，仅仅说“责令停止违法行为，补办取水许可证”并不完全符合实际的法律要求，所以答案是错误的。正确的处理方式应该是按照法律规定进行全面的处罚。