依法不需要办理河道管理范围内建设项目审查手续的，设置入河排污口不需要办理取水许可手续，但是按 规定需要编制环境影响报告书（表）的，其入河排污口设置由（）负责审批。

选项A：入河排污口所在地县级水行政主管部门。这个选项只提到了县级水行政主管部门，没有涉及到审批环境影响报告书（表）的环境保护部门，所以不符合题意。

选项B：县级以上地方人民政府水行政主管部门和流域管理部门。这个选项虽然提到了县级以上水行政主管部门，但并没有明确指出与审批环境影响报告书（表）的环境保护部门同级，因此也不符合题意。

选项C：县级委托下级地方人民政府水行政主管部门和流域管理部门。这个选项提到了县级委托下级地方人民政府水行政主管部门，但同样没有涉及到审批环境影响报告书（表）的环境保护部门，故不符合题意。

选项D：与负责审批环境影响报告书（表）的环境保护部门同级的水行政主管部门。这个选项明确指出了与审批环境影响报告书（表）的环境保护部门同级的水行政主管部门负责审批入河排污口设置，符合题意。

因此，正确答案是D。这道题的关键在于理解题干中的“其入河排污口设置由（）负责审批”，需要找到与审批环境影响报告书（表）的环境保护部门同级的审批机构。选项D恰好符合这一要求。