从事建设项目水资源论证工作的单位，在建设项目水资源论证工作中弄虚作假的，由水行政主管部门取消 其建设项目水资源论证资质，并处违法所得（）以下，最高不超过（）元的罚款。

这道题考察的是对建设项目水资源论证工作相关法律法规的理解，特别是对于在该工作中弄虚作假行为的处罚措施。

题目中提到的“建设项目水资源论证”是指对建设项目使用水资源进行科学评估的过程，以确保水资源的合理利用和保护。如果相关单位在这一过程中存在弄虚作假的行为，则需要依据法律法规进行相应的处罚。

根据题目给出的四个选项：

A选项是处以违法所得2倍的罚款，最高不超过2万元；
B选项是处以违法所得2倍的罚款，最高不超过3万元；
C选项是处以违法所得3倍的罚款，最高不超过5万元；
D选项是处以违法所得3倍的罚款，最高不超过3万元。

根据我国相关法律法规的规定，正确答案为D选项，即对弄虚作假的单位处以其违法所得3倍以下的罚款，但是罚款总额最高不得超过3万元。

选择D的原因是因为它符合现行法律规定的处罚标准，既体现了对违法行为的惩戒力度，又设置了罚款金额的上限，避免了过度惩罚的情况发生。