现行《取水许可制度实施办法》规定,地下水年度计划可采总量、井点总体布局和取水层位,由县级以上地 方人民政府水行政主管部门会同（）确定。

这道题考查的是关于地下水管理中不同部门之间的协作机制。

根据现行《取水许可制度实施办法》，对于地下水的管理，涉及到多个方面的专业知识和技术要求，包括水资源状况、地质条件等。因此，在制定地下水年度计划可采总量、井点总体布局和取水层位时，需要综合考虑地质与水资源的状况。

选项分析如下：

（A）城市建设行政主管部门：主要负责城市规划建设和管理，并不直接涉及地下水的地质特性及开采量的专业评估。
（B）计划行政主管部门：通常负责宏观调控和经济计划工作，不是地下水管理的专业部门。
（C）地质矿产行政主管部门：该部门负责地质勘查、矿产资源管理等工作，对地下水的地质情况有深入的研究和了解，是合理利用和保护地下水资源的重要参与者。
（D）自来水公司：虽然自来水公司直接参与供水服务，但它更多的是执行层面的工作，而非政策制定和技术指导。

正确答案为（C），即地质矿产行政主管部门。这是因为地下水的开采涉及到地质结构和矿产资源的保护，而这些正是地质矿产行政主管部门的专业领域。因此，在确定地下水相关计划时，水行政主管部门会与地质矿产行政主管部门合作，以确保科学合理的管理。