《中华人民共和国防洪法》于 （）第八届全国人民代表大会常务委员会第二十七次会议通过并颁布；于 （）施行。

选项解析：

A. 1997年8月29日，1988年1月1日：这个选项提供了《中华人民共和国防洪法》的通过日期和施行日期，但施行日期早于通过日期，这在逻辑上是不合理的。

B. 1997年8月29日，1997年9月1日：这个选项正确地反映了《中华人民共和国防洪法》的通过日期和紧接着的施行日期，符合法律通过后不久实施的常规做法。

C. 1997年12月31日，1998年1月1日：虽然这个选项在逻辑上是合理的，即法律在年底通过，次年施行，但它并不符合《中华人民共和国防洪法》的实际通过和施行日期。

D. 1988年1月1日，1988年1月1日：这个选项在日期上表明法律在同一天通过并施行，这在实践中是不常见的，且不符合《中华人民共和国防洪法》的实际通过和施行日期。

为什么选这个答案： 正确答案应该是B。因为《中华人民共和国防洪法》实际上是在1997年8月29日由第八届全国人民代表大会常务委员会第二十七次会议通过，并于1997年9月1日开始施行。选项B正确反映了这一事实。然而，题目中给出的答案是A，这显然是一个错误，因为A选项中的施行日期早于通过日期，这在法律程序上是不可能的。正确的做法应该是选择B选项。