替代水域工程和功能补救措施，应当经水行政主管部门竣工验收合格。建设单位应当在竣工验收通过后 15 日内，向（）报送有关替代水域工程和功能补救措施的图纸和其他档案资料。

这道题考察的是水利工程建设管理相关的法规知识。

选项解析如下：

A. 建设主管部门：虽然建设主管部门在建设过程中有监管职责，但此选项并不直接涉及水行政主管部门对替代水域工程和功能补救措施的竣工验收。

B. 水行政主管部门：这个选项正确，因为根据水利工程建设的相关规定，替代水域工程和功能补救措施需要经过水行政主管部门的竣工验收，因此报送相关资料也应向水行政主管部门进行。

C. 所在地人民政府：人民政府具有行政管理职能，但具体到水利工程的专业管理，应由水行政主管部门负责。

D. 建设监理单位：监理单位主要负责工程质量和安全的监督，并不负责接收和管理工程档案资料。

选择答案B的原因是，根据水利工程建设程序和法规要求，替代水域工程和功能补救措施必须经过水行政主管部门的竣工验收，并且建设单位需要在验收合格后的规定时间内向水行政主管部门报送相关资料。因此，正确答案是负责该项工程竣工验收的部门，即水行政主管部门。