替代水域工程和功能补救措施,应当经（）竣工验收合格。建设单位应当在竣工验收通过后15日内,向水行政主管部门报送有关替代水域工程和功能补救措施的图纸和其他档案资料。

这道题考查的是替代水域工程和功能补救措施的验收及资料归档流程。

解析如下：

A. 建设主管部门：建设主管部门主要负责建设项目从立项到施工过程中的各项管理工作，但替代水域工程和功能补救措施的专业性较强，通常不由建设主管部门直接进行验收。
B. 水行政主管部门：水行政主管部门是专门管理水资源及其相关工程的部门，对于涉及水域的工程项目有直接管理和监督责任，因此替代水域工程和功能补救措施应当由其进行验收。
C. 所在地人民政府：虽然人民政府对辖区内的各类事务具有领导作用，但对于专业性的工程验收，一般会授权给具体的职能部门来执行。
D. 建设监理单位：建设监理单位是在工程建设过程中提供监理服务的专业机构，它们负责监督工程质量等，但最终的验收工作仍需由具备相应职能的行政部门来进行。

根据题意，“替代水域工程和功能补救措施”的专业性质以及我国现行的水利工程项目管理规定，此类工程应当由水行政主管部门进行竣工验收。因此，正确答案是 B. 水行政主管部门。