工程中适用的木材主要是树木的（）。

这道题目考察的是对木材来源及其在工程应用中的基本了解。我们可以逐一分析各个选项来确定正确答案。

A. 树根：树根是树木的地下部分，主要负责吸收土壤中的水分和养分，并将其输送到树木的其他部分。由于树根的结构复杂且多含纤维和杂质，其材质并不适合作为工程材料使用，因此A选项不正确。

B. 树冠：树冠是树木的地上部分，主要由枝条和叶片组成，用于光合作用和蒸腾作用。树冠的材质轻盈且多为叶片和枝条，无法提供足够的强度和稳定性作为工程材料，所以B选项也不正确。

C. 树干：树干是树木的主体部分，连接树根和树冠，承载着树木的主要重量。树干材质坚实，纹理清晰，具有较高的强度和耐久性，非常适合作为工程材料使用，如建筑、桥梁、家具等。因此，C选项是正确答案。

D. 树皮：树皮是树干的外层保护组织，主要起保护和支撑作用。然而，树皮的材质较为松软，且多含纤维和杂质，不适合作为主要的工程材料使用。因此，D选项不正确。

综上所述，工程中适用的木材主要是树木的树干部分，因为其材质坚实、强度高、耐久性好，能够满足各种工程需求。所以正确答案是C选项。