HXN3型内燃机车柴油机使用两个控制模块（）来控制柴油机喷射系统。

NJ2型机车13控制部分（13CP）的功能是控制13管的压力，并对功率损失补偿装置和DBM装置进行电气控制。

NJ2型机车均衡风缸控制部分还包括无动力调节阀（DER），在机车无动力时允许总风管为机车总风缸充风以实现无动力回送功能。

NJ2型机车制动系统的集成处理器模块（IPM）作为CCB-Ⅱ的主处理器与机车进行通信，通过LON网络将制动命令传至电子空气制动控制单元（EPCU）模块。

NJ2型机车制动系统的继电器接口模块（RIM）内有电子空气制动系统大电流隔离继电器，为机车系统和常用、紧急列车管线信号提供接口。

NJ2型机车CCB-Ⅱ制动机集成大量冗余功能，在出现故障时，可以识别、重新配置、主要部件备份等功能。

NJ2型机车风源系统中第三止回阀的作用是压缩空气通过该止回阀导入第二总风缸，阻止压缩空气返回第一总风缸。因此第一总风缸故障排气后，第二总风缸为制动系统提供压缩空气。

NJ2型机车的空气干燥器带有湿度指示器，以便直观了解空气干燥器的运用状态。除蓝色表示干燥器工作正常外，其余各种颜色显示均表示干燥器需进一步检查。

NJ2型机车总风缸的J1安全阀的下方管路上还安装了一个截止阀，当J1安全阀故障不能及时排出过高的压力空气时，可以打开此截止阀排出压力空气。

NJ2型机车制动机空气压缩机泵风压力分为两级，如果总风缸空气压力传感器故障，空气压缩机的泵风压力由压力开关（CGS）控制，空气压缩机进入二级泵风。

NJ2机车将制动机设置为重联模式时，自阀手柄在重联位除外，在其他位置均产不生任何相应动作。