利用列车间隔在区间使用轻型车辆及小车时，应在（ ），并设置驻站联络员，按规定防护。

选项解析：

A. 昼间 - 这个选项虽然提到的是一天中的时间，但并不是决定是否可以使用轻型车辆及小车以及设置防护措施的关键因素。

B. 夜间 - 同理，夜间作业虽然需要更加严格的安全措施，但也不是决定性条件。

C. 车流较小时 - 虽然车流量小可能会降低一定的安全风险，但是否使用轻型车辆及小车并不是单纯根据车流量来决定的。

D. 车站登记 - 这个选项指的是在进行任何区间作业前，必须要在车站进行登记，这是正规的安全管理流程。登记后，车站管理部门才能了解作业情况，并采取必要的安全措施，包括设置驻站联络员和按规定进行防护。

为什么选择D： 根据铁路安全操作规程，使用轻型车辆及小车进行区间作业前必须在车站进行登记，这是确保铁路安全的关键步骤。车站登记后，车站管理部门能够根据列车运行计划和实际运行情况，安排合理的作业时间和采取必要的安全措施。因此，选项D是符合规定的正确答案。