合金结构钢牌号16MnR中，“Mn”表示锰的质量分数的平均值不是(　　)。

这是一道关于合金结构钢牌号解读的问题。我们需要根据合金结构钢的命名规则，特别是关于元素含量标识的部分，来解析题目中的选项。

首先，理解合金结构钢牌号“16MnR”中的元素标识含义：

“16”通常表示钢中某元素（如碳、硅、锰等，具体需根据钢种确定）的质量分数的平均值乘以100后的整数部分。但在这个特定的例子中，“16”并不直接对应锰的含量，因为锰的含量是通过“Mn”来特别指出的。
“Mn”明确表示该钢种含有锰元素，并且其后的数字（尽管在这个例子中未直接给出）会指示锰的具体含量范围。然而，在合金结构钢的命名规则中，当元素符号后没有紧跟具体数字时，它通常表示该元素含量在某一标准范围内，而不是具体数值。

接下来，我们分析选项：

A. 等于0.16%：这个选项给出了一个具体的数值，但根据命名规则，“16”并不直接对应锰的含量，且没有足够的信息支持锰的含量恰好为0.16%。
B. 小于0.16%：同样，这个选项也是给出了一个具体的低限值，但命名规则中并未直接说明锰的含量低于这个值。
C. 小于0.5%：这个选项同样是一个具体的低限值，且远低于通常合金结构钢中锰的含量范围。
D. 小于1.5%：在合金结构钢的命名中，当元素符号后没有具体数字时，该元素的含量通常会在一个较宽但合理的范围内，如对于锰来说，可能是在某个百分比以下（如小于1.5%），这符合命名规则和常识。
E. 小于5%：这个范围过于宽泛，且远高于一般合金结构钢中锰元素的常见含量。

综上所述，根据合金结构钢的命名规则和常识，我们可以推断出“Mn”在“16MnR”中表示锰的含量在某一合理范围内，但不会具体到某个非常小的数值（如0.16%或0.5%），也不会是一个过大的范围（如小于5%）。因此，最合理的解释是锰的含量小于某个常规的上限值，如小于1.5%。

因此，正确答案是D（小于1.5%）。选项A、B、C、E均不符合合金结构钢牌号中元素含量的常规表示方法和常识。