“三同时”是指建设项目的污染防治设施，应当与主体工程同时设计、同时施工、（ ）。

题目解析：

“三同时”是中国环境保护法中的一个原则，指的是建设项目的污染防治设施必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投入生产和使用。这一规定旨在确保环境保护设施与生产设施同步进行，从而有效地控制和减少污染。

选项分析：

A. 同时投入生产和使用：这是正确答案。它意味着污染防治设施必须在建设项目开始运营的同时就开始运作，以确保从一开始就能有效控制污染。
B. 同时结算：这与环保设施的运行无关，结算通常是指财务上的处理过程，不是环保要求的一部分。
C. 同时检修：虽然定期检修是保持设备正常运行的重要环节，但并非“三同时”所指的内容。污染防治设施需要的是与主体工程同步的设计、施工及投入使用。
D. 同时备案：备案是一个行政程序，可能涉及到向相关政府部门报告或记录项目信息，但这不等同于实际操作层面的污染防治设施的建设和使用。

综上所述，正确答案是A选项：“同时投入生产和使用”，因为这符合“三同时”原则对于污染防治设施的具体要求。