( )从组织上确立了党对军队的领导,是建设无产阶级领导的新型人民军队的重要开端.

选项A：井冈山会师，是指1928年4月毛泽东领导的秋收起义部队与朱德、陈毅领导的湘南起义和南昌起义部分部队在井冈山的胜利会师。这次会师壮大了革命力量，但并未从组织上确立党对军队的领导。

选项B：工农武装割据，是指在毛泽东提出的农村包围城市、武装夺取政权的革命道路指导下，农村根据地中工人、农民武装斗争的形势。这一策略是共产党在革命战争中的重要方针，但也不是从组织上确立党对军队领导的具体事件。

选项C：三湾改编，是指1927年9月29日至10月3日，毛泽东在江西永新县三湾村领导的著名的三湾改编，确立了“党指挥枪”的原则，从政治上、组织上保证了党对军队的绝对领导，是我党建设新型人民军队最早的一次成功探索和实践，标志着毛泽东建设人民军队思想的开始形成。

选项D：中共六大，是指1928年6月18日至7月11日在苏联莫斯科举行的中国共产党第六次全国代表大会。这次大会主要讨论了革命形势和党的任务，但并未直接涉及军队组织领导的具体问题。

因此，正确答案是C，三湾改编，因为它从组织上确立了党对军队的领导，是建设无产阶级领导的新型人民军队的重要开端。