下列选项中，由张机论著的著作是

**解析：** 本题考查的是中医经典著作与其作者的对应关系。 1. **分析题干关键人物**： “张机”即**张仲景**，名机，字仲景，东汉末年著名医学家，被后世尊称为“医圣”。 2. **逐项分析选项**： * **A. 《难经》**：相传为战国时期**扁鹊**（秦越人）所著，主要对《黄帝内经》中的疑难问题进行解释和阐发。 * **B. 《黄帝内经》**：成书于战国至秦汉时期，非一人一时之作，是托名黄帝及其臣子岐伯、雷公等人对话整理而成的医学理论奠基之作。 * **C. 《针灸甲乙经》**：由魏晋时期的**皇甫谧**编撰，是我国现存最早的一部针灸学专著。 * **D. 《备急千金要方》**：由唐代“药王”**孙思邈**所著，是一部综合性临床医著。 * **E. 《伤寒杂病论》**：由东汉**张仲景**（张机）所著。该书确立了“辨证论治”原则，是中医临床医学的灵魂所在，后世将其分为《伤寒论》和《金匮要略》两书流传。 **结论：** 由张机（张仲景）论著的著作是《伤寒杂病论》。 故正确答案为 **E**。