3.参与生物转化第二相反应的有:

题目解析： 生物转化的第二相反应是与废物代谢有关的阶段，涉及多个生物转化过程。根据选项中的分子，我们可以进行判断。 A. PAPS（3'-磷腺酸腺苷）是一种高能硫酸酯化合物，参与多种生物转化反应，因此符合条件。 B. UDPGA（尿苷二磷酸葡萄糖酸）是一种葡萄糖鸟苷酸，在生物转化中用于糖基化反应，因此符合条件。 C. 乙酰基是一个功能基团，可以参与酯化反应和其他生物转化反应，因此符合条件。 D. 谷胱甘肽（glutathione）是一种三肽，虽然参与许多生物反应，但不是特定于生物转化的反应物，因此不符合条件。 因此，答案为ABCD，即PAPS、UDPGA和乙酰基都参与生物转化的第二相反应。