东风4D型内燃机车设计使用的是()型柴油机。

这道题目考察的是对东风4D型内燃机车所使用的柴油机型号的了解。

解析各个选项：

A. 16V280ZJA：这个型号并不对应东风4D型内燃机车所使用的柴油机。16V表示该柴油机有16个气缸，但280ZJA并非东风4D系列机车的标准配置。

B. 16V240ZJ：虽然这个型号也是16个气缸的柴油机，但ZJ型并不特指东风4D型内燃机车所使用的型号。东风4D型内燃机车使用的是其改进型或特定型号。

C. 16V240ZJD：这个型号是东风4D型内燃机车设计使用的柴油机型号。其中，16V表示有16个气缸，240表示气缸的单缸排量或相关参数，ZJD则代表该柴油机的具体型号或改进版本，特别适用于东风4D型内燃机车。

D. 12V240ZJD：这个型号虽然有ZJD的标识，但前面的12V表示只有12个气缸，与东风4D型内燃机车通常配置的16气缸不符。

因此，正确答案是C. 16V240ZJD，因为这个型号是东风4D型内燃机车设计使用的柴油机型号。