《内燃、电力机车检修工作要求及检查办法》规定,段机车检修率应完成铁路局给定计划指标的(),否则扣分。

解析这道题目，我们首先要明确题目考察的是对《内燃、电力机车检修工作要求及检查办法》中特定条款的理解。题目询问的是段机车检修率应完成铁路局给定计划指标的哪个比例，以及这一比例是如何规定的。

现在我们来逐一分析选项：

A. 100%：这个选项表示段机车检修率需要完全达到铁路局给定的计划指标，没有任何折扣或余地。在管理和规定中，要求“完成”某指标通常意味着需要达到100%的完成度，以确保所有计划内的检修工作都得到执行。

B. 98%：虽然这个比例很高，但并未达到完全的100%完成度。在许多规定中，这样的比例可能表示优秀或接近完美的表现，但在本题中，它并不符合“完成”的严格定义。

C. 95%：这个比例比98%更低，同样表示有一定的完成度，但并未达到完全完成的标准。在管理和考核中，这样的比例可能表示良好或可接受的表现，但不符合题目中的“完成”要求。

D. 90%以上：这个选项给出了一个范围，意味着只要达到或超过90%就可以。然而，在严格的管理和考核中，“完成”通常意味着没有任何折扣的100%完成度，而不是一个范围或最低限度。

综上所述，根据题目中对“完成”的严格定义和对《内燃、电力机车检修工作要求及检查办法》的理解，我们可以确定答案是A.100%。这是因为只有100%的完成度才能确保所有计划内的检修工作都得到严格执行，符合管理和考核的严格要求。