案例描述:一辆辽*牌照的大件运输车辆自*收费站入口上高速,请回答以下问题:(3)如该车一年内有()次违法超限运输,则由道路运输管理机构依照《公路安全保护条例》第六十六条予以处理。

本题考察的是对《公路安全保护条例》中关于超限运输车辆处理规定的理解。

首先，我们来分析题目中的关键信息：一辆大件运输车辆在一年内达到某次数的违法超限运输后，将由道路运输管理机构依照《公路安全保护条例》进行处理。

接下来，我们根据《公路安全保护条例》的相关规定来逐一分析选项：

A. 6次：此选项提出的次数较多，但《公路安全保护条例》中并未规定一年内达到6次违法超限运输即进行特定处理，因此A选项不正确。

B. 3次：根据《公路安全保护条例》第六十六条：“对1年内违法超限运输超过3次的货运车辆，由道路运输管理机构吊销其车辆营运证；对1年内违法超限运输超过3次的货运车辆驾驶人，由道路运输管理机构责令其停止从事营业性运输；道路运输企业1年内违法超限运输的货运车辆超过本单位货运车辆总数10%的，由道路运输管理机构责令道路运输企业停业整顿；情节严重的，吊销其道路运输经营许可证，并向社会公告。” 这与题目中的描述相符，故B选项正确。

C. 2次：此选项的次数未达到《公路安全保护条例》中规定的处理标准，因此C选项不正确。

D. 5次：虽然次数较多，但同样不是《公路安全保护条例》中明确规定的处理标准，故D选项也不正确。

综上所述，正确答案是B，即如该车一年内有3次违法超限运输，则由道路运输管理机构依照《公路安全保护条例》第六十六条予以处理。