案例描述:2020年11月5日晚8时许,一辆装载圣女果、车货总质量17.2吨、整备质量11.2吨、核定载质量4.5吨的二型货车在某收费站下路时,车主要求免费,收费员不给予免费,司机对此有异议,坚称圣女果是绿通产品的一种,属于鲜活农产品。(3)下列说法不正确的是()。

选项A解析：根据案例描述，该二型货车的核定载质量为4.5吨，而装载的圣女果车货总质量为17.2吨，显然超过了核定的载质量，因此该车不属于整车合法装载。选项A的说法是正确的。

选项B解析：鲜活农产品是否免费不仅仅取决于货物种类，还要看车辆是否合法装载。案例中的车辆已经超载，因此即便是运输的货物为西红柿，也不能免费。选项B的说法是不正确的。

选项C解析：根据国家相关规定，《鲜活农产品品种目录》确实包含了西红柿，但圣女果是否包含在内需要查阅最新的《鲜活农产品品种目录》。按照普通情况，圣女果通常被认为是西红柿的一种品种，但在具体政策执行时可能会有所不同。因此，选项C的说法在未明确目录内容的情况下不能直接判断为正确。

选项D解析：根据交通运输部、国家发展和改革委员会的相关通知，鲜活农产品运输车辆如果装载了80%以上的鲜活农产品，并混装了不超过20%的其他农产品，可以比照整车合法装载鲜活农产品车辆执行。案例中的车辆已经超载，即使按照这个比例装载，也不能认定为合法装载。因此，选项D的说法是不正确的。

综上所述，选项B、C、D的说法均不正确，因此答案为BCD。