案例描述:一辆小客车驶入高速公路入口,收费员将CPC卡消毒后,发放给客户。(1)公路收费站收费亭,安排专人负责采用喷洒含氯消毒剂方式,对()和()的收费公路通行介质进行消毒处理?()

这是一道关于公路收费站CPC卡（复合通行卡）消毒处理的问题。我们需要根据题目描述，分析并确定哪个选项最符合消毒处理的正确流程。

首先，理解题目背景：在高速公路入口，收费员会对CPC卡进行消毒后发放给客户。题目询问的是在哪个环节对CPC卡进行消毒处理。

接下来，分析各个选项：
A. 发放回收：这个选项指的是在发放和回收两个环节都进行消毒。但题目描述中仅提及了发放前的消毒，未提及回收时的消毒，因此A项不完全符合题意。

B. 回收库存：这个选项意味着在CPC卡被回收后，以及在它们被存储在库存中之前，会进行消毒处理。这符合公共卫生和防疫的要求，确保CPC卡在再次使用前是清洁和安全的。

C. 回收补充：此选项的“补充”一词在题目中没有直接对应，且不符合CPC卡消毒处理的常规流程。消毒处理更侧重于CPC卡在使用前或回收后的处理，而非“补充”环节。

D. 回收调转：这个选项的“调转”同样没有明确的上下文支持，且不是CPC卡消毒处理的标准环节。

综上所述，考虑到CPC卡在使用后需要回收并可能再次发放给其他客户，为了保障公共卫生和防疫需求，最合理的做法是在回收后对库存中的CPC卡进行消毒处理。因此，正确答案是B项：“回收库存”。这个选项准确地反映了CPC卡在回收后、再次发放前进行消毒处理的必要性和合理性。