案例描述:一辆6轴货三类货车列车从A收费站封闭式ETC车道上高速,正常行驶至B收费站封闭式ETC车道上高速,按货三类车进行计费。(4)漏缴的通行费由()承担主要责任。

这道题目考察的是在不同情况下，漏缴的通行费应由谁承担主要责任的问题。我们来逐一分析各个选项：

A. 发行服务机构原因出现大车小标造成通行费损失的，应由发行服务机构先行垫付损失通行费：

这个选项明确指出，如果是因为发行服务机构（如ETC卡的发行方）的原因，导致车辆被错误地标记为小车型（即“大车小标”），从而造成了通行费的损失，那么这部分损失应由发行服务机构来承担。这是合理的，因为错误是由他们造成的。

B. 发行服务机构原因出现车种不符造成通行费损失的，应由发行服务机构先行垫付损失通行费：

类似于A选项，这个选项指出如果因为发行服务机构的原因，车辆的车种被错误标记，导致通行费损失，那么这部分损失也应由发行服务机构来承担。这同样是基于“谁出错，谁负责”的原则。

C. 因本省收费公路经营管理单位原因造成本省通行费损失的，由本省过失方自行承担损失：

这个选项说明，如果是因为本省收费公路经营管理单位（如收费站、监控中心等）的原因导致的通行费损失，那么这部分损失应由该单位自行承担。这也是合理的，因为他们是直接管理收费事务的机构。

D. 因本省收费公路经营管理单位原因造成其他省份通行费损失的，由过失省份过失方承担其他所有通行费损失：

这个选项进一步扩展了C选项的范围，指出如果本省的过失影响到了其他省份的通行费收入，那么这部分损失也应由过失的省份来承担。这体现了跨省份的责任划分和补偿机制。

E. 因客户原因造成通行费损失的，应按通行费稽核相关流程补收通行费：

这个选项指出，如果是因为客户自身的原因（如逃费、误操作等）导致的通行费损失，那么应该按照相关的稽核流程来补收通行费。这是维护收费公平性和合法性的必要措施。

综上所述，所有选项都涵盖了在不同情况下漏缴通行费的责任划分和补偿机制，因此答案是ABCDE。