案例描述:一辆6轴货三类货车列车从A收费站封闭式ETC车道上高速,正常行驶至B收费站封闭式ETC车道上高速,按货三类车进行计费。(2)以下类型判别属于车种的是()。

首先，我们来理解题目中的关键信息。题目询问的是在公路收费系统中，哪些类型判别属于“车种”。车种通常指的是车辆的类型或种类，它对于确定车辆的收费标准、通过能力等具有重要意义。

现在，我们来逐一分析选项：

A. 货车列车：这明确指的是一种由货车组成的列车形式，它属于车辆类型的一种，因此在车种分类中是合理的。此选项正确。

B. 免费：虽然“免费”听起来更像是费用政策，但在收费系统中，它实际上也是一种车辆分类的标识，用于区分需要收费和不需要收费的车辆。因此，从广义上讲，“免费”也可以视为一种特殊的车种分类。此选项正确。

C. 乘用车列车：这个选项在常规的车辆分类中并不常见。乘用车通常指的是轿车、SUV等私人用车，而“乘用车列车”并不是一个标准的车辆类型分类。它可能指的是由乘用车组成的特殊列车形式，但这种形式在公路收费系统中并不常见，且不属于标准的车辆类型分类。因此，此选项不正确。

D. 大件运输：大件运输车辆通常指的是运输大型、重型货物的特种车辆。这类车辆在收费系统中需要特殊对待，因为它们可能占用更多的道路资源或需要特殊的通行条件。因此，“大件运输”作为一种车辆类型或车种是合理的。此选项正确。

E. 集装箱：集装箱运输车辆是公路运输中常见的一种形式，它们专门用于运输集装箱货物。这类车辆在收费系统中也有其特殊的收费标准，因此“集装箱”也可以视为一种车种。此选项正确。

综上所述，属于车种类型判别的选项是A、B、D、E。而C选项“乘用车列车”并不是标准的车辆类型分类，因此不正确。所以，正确答案是ABDE。