案例描述:在CPC卡日常管理中,A省发现本省CPC卡保有量不足(管理基数40万张),现存保有量42.5万张。为确保CPC正常使用和周转,A省经报部联网中心同意后,经与B省协调一致后向B省发出调拨需求,B省接到调拨指令后1个工作日内指定调出仓库,2个工作日内双方完成出库交接。(3)CPC卡跨省调拨应以各省()为参考。

在解析这道关于CPC卡跨省调拨的题目时，我们需要首先明确CPC卡调拨的主要目的和依据。CPC卡，作为ETC（电子不停车收费系统）中的重要组成部分，其保有量直接影响到ETC系统的正常运行和车辆通行的顺畅。

现在，我们来逐一分析各个选项：

A. 管理基数：管理基数是系统或机构为维持正常运营而设定的一个基准数量。在这个案例中，A省发现其CPC卡保有量不足其管理基数（40万张），这表明其现有的CPC卡数量无法满足其日常管理和运营需求。因此，以管理基数为参考进行调拨，可以确保A省能够恢复到足够的CPC卡保有量，以维持ETC系统的正常运行。

B. 库存量：虽然库存量反映了当前的CPC卡存储情况，但它并不直接说明A省对CPC卡的实际需求。库存量可能会因各种原因（如季节性变化、突发事件等）而波动，因此不能单独作为调拨的依据。

C. 入口流量：入口流量主要反映了进入ETC车道的车辆数量，但它并不直接反映CPC卡的需求。CPC卡的需求与车辆的通行频率、ETC系统的使用情况等多种因素有关，而不仅仅是入口流量。

D. 出口流量：与入口流量类似，出口流量也不直接反映CPC卡的需求。它更多地反映了ETC系统的服务能力和车辆通行情况，而非CPC卡的保有量需求。

E. 总流量：总流量是入口流量和出口流量的总和，它同样不直接反映CPC卡的需求。总流量的大小与CPC卡的保有量需求之间没有直接的因果关系。

综上所述，以管理基数为参考进行CPC卡的跨省调拨是最合理的选择。因为它直接关联到A省ETC系统正常运行所需的CPC卡数量，能够确保A省在调拨后能够恢复到足够的CPC卡保有量。因此，正确答案是A：管理基数。