案例描述:广东某收费站绿色通道驶入一辆蓝色二轴半挂货车(装载联合收割机),司机向当班收费员出示了通行卡和联合收割机插秧机跨区作业证,司机提出免费要求。现场人员目测蓝色货车的外廓宽度3.25米,查看车辆行驶证发现该车装载已超过额定载重量。(1)现场对该蓝色货车应如何进行收费操作?()

这是一道关于交通收费规则理解和应用的问题，我们需要根据题目描述和交通收费的相关规定来判断正确的收费操作。

首先，我们梳理题目中的关键信息：

蓝色二轴半挂货车装载联合收割机。
司机出示了通行卡和联合收割机插秧机跨区作业证。
司机提出免费要求。
现场目测货车外廓宽度为3.25米，且装载已超过额定载重量。

接下来，我们分析各个选项：
A. 按普通货车：这个选项忽略了司机出示的联合收割机插秧机跨区作业证，该证件在特定条件下（如跨区作业、符合规定尺寸和载重等）可能享受免费通行的政策。因此，仅凭货车属性和载重情况就判断为普通货车并收费，可能不符合相关政策。

B. 按超限货车：虽然货车装载已超过额定载重量，但题目中的关键信息是司机出示了跨区作业证，这通常与免费通行政策相关联。因此，仅凭超限就判断收费方式可能不准确。

C. 按预约通行车辆：这个选项虽然字面上没有直接提及“预约”二字，但在此情境下，可以理解为对持有特定证件（如跨区作业证）并符合相关规定的车辆的一种特殊处理方式。在实际操作中，这类车辆可能被视为“预约”或“特定”通行车辆，享受免费或优惠待遇。此外，考虑到联合收割机跨区作业的特殊性和政策支持，选择此选项最为合理。

综上所述，根据题目描述和交通收费的相关规定，最合理的收费操作是按预约通行车辆处理，即选项C。这是因为司机出示了联合收割机插秧机跨区作业证，这通常意味着车辆可以享受免费或优惠的通行政策，而不仅仅是基于其货车属性和载重情况来判断收费方式。