案例描述:车牌为粤A11X1的6类6轴货车,从XX高速XX站入口时,准备行驶客车专用车道进入高速,被当班工作人员发现,引导至货车称重车道对车辆重量进行检测,发现该车存在严重超载行为,禁止该车进入高速公路并及时上报有关部门进行处理。(4)对高速公路入口称重检测工作中发现的违法超限超载货运车辆,由()和()依法处理。

首先，我们来理解题目背景：这是一道关于高速公路入口称重检测及违法超限超载货运车辆处理的问题。题目描述了一辆货车试图通过客车专用车道进入高速，被引导至货车称重车道后发现存在严重超载行为，并询问对于此类情况应由哪些部门依法处理。

接下来，我们分析各个选项：

A. 收费公路经营管理者：虽然收费公路经营管理者负责高速公路的日常运营和管理，但他们并不具备直接处理违法超限超载货运车辆的执法权力。他们更多的是提供服务和维护设施，而不是执行法律或规定。

B. 交通执法部门：交通执法部门是负责交通法规和规定的执行部门，包括处理违法超限超载等交通违法行为。他们有权对违法车辆进行查处，并采取相应的处罚措施。

C. 公安交通管理部门：公安交通管理部门也负责交通秩序的维护和违法行为的查处。在处理违法超限超载货运车辆方面，他们同样具有执法权，并能对违法车辆和驾驶员进行相应的处罚。

D. 收费站工作人员：收费站工作人员主要负责收费和提供基本的服务，他们并不具备执法权力，不能对违法超限超载货运车辆进行处理。

综上所述，对于高速公路入口称重检测工作中发现的违法超限超载货运车辆，应由具有执法权力的部门进行处理。在这些选项中，只有交通执法部门和公安交通管理部门具备这样的执法权力。

因此，答案是B（交通执法部门）和C（公安交通管理部门）。这两个部门将依法对违法超限超载的货运车辆进行处理。