案例描述:2020年05月02日14:16:30,李文群来电反映:他是粤BXXXXX六轴货车司机,13:37,他驾车从XX收费站进入XX高速,收费站的过磅器显示他车辆的总重量已超过51.5吨,收费站的工作人员不让他上高速,他向工作人员解释他车辆未超重,工作人员告知,通过现场称重检测,该车辆属于超限运输,按规定该车严禁上高速行驶。(4)车辆违法超限运输的,由公路管理机构根据违法行为的性质、情节和危害程度,给予处罚。车货总高度从地面算起超过4.5米、总宽度超过3.75米或者总长度超过28米的,处()的罚款。

首先，我们要明确题目所描述的情境和核心问题。题目描述了车辆违法超限运输的情况，并特别指出了车货总高度、总宽度或总长度超过规定尺寸的情况。接下来，我们需要根据这个情境，对照相关法律法规或规定来确定正确的罚款金额。

现在，我们逐一分析选项：

A. 500元以上1000元以下的罚款：这个选项的罚款金额相对较低，通常可能不针对严重的超限行为。在此案例中，车辆的总高度、宽度或长度显著超标，因此不太可能是这个档次的罚款。

B. 1000元以上3000元以下的罚款：这个选项的罚款金额适中，符合对一般违法超限行为的处罚标准。在车辆超限的情境中，尤其是当车辆的总高度、宽度或长度超过规定时，这个档次的罚款是合理的。

C. 3000元以上5000元以下的罚款：此选项的罚款金额较高，通常可能针对更为严重的超限行为，如严重超载或多次违法等。在此案例中，虽然车辆超限，但并未提及有其他严重违法情节，因此这个档次的罚款可能过重。

D. 5000元以上10000元以下的罚款：这是罚款金额最高的选项，显然针对的是更为严重的违法行为。在此案例中，车辆的超限行为虽然存在，但并未达到需要如此高额罚款的程度。

根据《超限运输车辆行驶公路管理规定》等相关法律法规，对于车辆的车货总高度、总宽度或总长度超过规定尺寸的情况，通常会给予中等程度的罚款。因此，结合题目描述和法律规定，我们可以确定B选项“1000元以上3000元以下的罚款”是正确的。

综上所述，答案为B。