如发现收费员短卡,应做好登记,按本站()处理。

解析这道选择题时，我们首先要理解题目背景和各选项的含义，再结合收费员工作的实际情况来推理出正确答案。

题目描述的是“如发现收费员短卡，应做好登记，按本站()处理”。这里的“短卡”通常指的是收费员在工作中未能妥善保管或交接，导致卡片数量减少或丢失的情况。

现在我们来逐一分析选项：

A. 异常卡：这个选项通常指的是在正常使用过程中出现异常情况的卡片，比如读写错误、损坏等，与“短卡”这一因管理不善导致的数量减少或丢失的情况不符。

B. 流失卡：这个选项与“短卡”情况高度吻合。在收费工作中，“流失卡”往往指的是因管理不当而丢失或未能找回的卡片，这与收费员未能妥善保管卡片导致数量减少或丢失的情况相符。

C. 发出卡：这个选项显然与“短卡”无关。发出卡通常指的是正常工作中发放给车辆使用的卡片，不涉及收费员管理不善导致的卡片数量减少或丢失。

D. 短卡：虽然题目中提到了“短卡”，但这里的“短卡”是一个现象或情况的描述，而非一个处理方式的选项。因此，这个选项不能作为答案。

综上所述，当发现收费员短卡时，最符合逻辑和实际情况的处理方式是按照“流失卡”来处理，因为这直接对应了因管理不善导致的卡片数量减少或丢失的情况。

因此，答案是B. 流失卡。