根据《关于对跨区作业联合收割机免缴车辆通行费的通知》,《作业证》由农业部统一印制,由省(区、市)农机、公安交通管理部门和交通部门加盖公章,(),严禁涂改、复制、伪造和倒卖。

本题考察的是对《关于对跨区作业联合收割机免缴车辆通行费的通知》内容的理解。

首先，我们来分析题目并罗列出重要信息：

题目提及《关于对跨区作业联合收割机免缴车辆通行费的通知》。
《作业证》由农业部统一印制，并由省(区、市)农机、公安交通管理部门和交通部门加盖公章。
需要选择一个描述正确的证件管理方式，并指出哪些行为是严禁的。

接下来，我们对各选项进行分析：
A. 一车一卡：此选项的“卡”与题目中提到的《作业证》不符，且“一车一卡”并非该文件针对联合收割机的特定管理方式，故排除。

B. 一车一机：此选项表述模糊，且不符合《作业证》的发放和管理方式，因为“机”并非直接对应证件的发放，故不选。

C. 一车一证：虽然这个选项表达了一种证件与车辆的对应关系，但在该政策的具体实施中，并非直接以车辆为单位发放证件，而是针对每台联合收割机，故不符合题意。

D. 一机一证：此选项明确指出每台联合收割机对应一个《作业证》，这与文件中“由农业部统一印制”的《作业证》的发放和管理方式相吻合，即每台参与跨区作业的联合收割机都应持有一个有效的《作业证》。同时，“严禁涂改、复制、伪造和倒卖”也进一步强调了证件的严肃性和唯一性。

综上所述，根据《关于对跨区作业联合收割机免缴车辆通行费的通知》的内容，最符合题意的选项是D，即“一机一证”。这一选项准确反映了文件对于《作业证》发放和管理的具体要求。