根据《收费公路管理条例》规定:由国内外经济组织投资建设的公路的收费期限,按照()的原则确定。

这道题考察的是对《收费公路管理条例》中关于收费期限确定原则的理解。

首先，我们逐一分析选项内容：

A. 收回投资并有合理回报：这个选项直接对应了《收费公路管理条例》中关于收费期限确定的核心原则。即，对于由国内外经济组织投资建设的公路，其收费期限的确定应当基于能够收回投资并获得合理回报的考虑。这既保障了投资者的权益，也符合市场经济的公平性原则。

B. 收费偿还贷款、偿还有偿集资款：这个选项虽然涉及到了资金偿还的方面，但它更侧重于贷款和集资款的偿还，而不是全面考虑投资者的投资回报。在《收费公路管理条例》中，收费期限的确定不仅仅是为了偿还贷款或集资款，更重要的是要确保投资者能够收回投资并获得合理回报。

C. 投资总额：这个选项仅考虑了投资的总金额，而没有考虑到回报的因素。收费公路的收费期限不能仅基于投资总额来确定，还需要考虑其他诸如运营成本、维护费用、交通流量等多种因素。

D. 贷款总额：与B选项类似，这个选项也过于片面，仅考虑了贷款的总金额，而忽视了投资者整体的投资回报需求。

综上所述，根据《收费公路管理条例》的规定，由国内外经济组织投资建设的公路的收费期限，应当按照能够收回投资并有合理回报的原则来确定。因此，正确答案是A选项“收回投资并有合理回报”。