根据《公路法》规定:在公路用地范围内设置公路标志以外的其他标志的,由()责令限期拆除。

本题考察的是对《公路法》相关规定的理解。

首先，我们需要明确题目中的关键信息：在公路用地范围内设置公路标志以外的其他标志的行为，应由哪个部门责令限期拆除。

接下来，我们逐一分析各个选项：
A. 交通主管部门：根据《公路法》第五十四条：“任何单位和个人未经县级以上地方人民政府交通主管部门批准，不得在公路用地范围内设置公路标志以外的其他标志”。同时，对于未经批准设置的标志，该法也明确规定了由“交通主管部门”责令限期拆除。因此，A选项与法律规定相符。

B. 省、自治区、直辖市人民政府：虽然省、自治区、直辖市人民政府在行政管理上具有较高的层级，但具体到公路用地范围内标志的设置与拆除，并非其直接管辖范围，而是由更低层级的交通主管部门或公路管理机构负责。因此，B选项不正确。

C. 公路管理机构：虽然公路管理机构在公路的日常管理和维护中扮演着重要角色，但根据《公路法》的相关规定，对于在公路用地范围内未经批准设置标志的行为，是由交通主管部门而非公路管理机构来责令限期拆除的。因此，C选项不正确。

D. 经营企业：经营企业作为公路的经营者，其主要职责是负责公路的日常运营和维护，但并不具备对违法设置标志进行查处和责令拆除的权力。因此，D选项显然不正确。

综上所述，根据《公路法》的相关规定，对于在公路用地范围内设置公路标志以外的其他标志的行为，应由交通主管部门责令限期拆除。

因此，正确答案是A。