《中华人民共和国公路法》第六十八条:收费公路的具体管理办法,由()依照本法制定。

本题考察的是对《中华人民共和国公路法》相关条款的理解。

首先，我们来看《中华人民共和国公路法》第六十八条的具体内容：“收费公路的具体管理办法，由（ ）依照本法制定。”

接下来，我们逐一分析选项：

A. 国务院

《公路法》作为全国性的法律，其具体实施办法往往由更高级别的政府机构，即国务院来制定。这是因为国务院有权制定行政法规，对法律的实施进行具体规定。在此题中，收费公路的具体管理办法显然需要国务院层面来制定，以确保其权威性和广泛性。因此，A选项是合适的。

B. 交通运输部

交通运输部虽然是负责全国公路交通的主要政府部门，但其制定的规定多属于部门规章，其法律效力低于行政法规。在此情况下，收费公路的具体管理办法应由更高层级的政府机构制定，故B选项不合适。

C. 国务院交通主管部门

这个选项虽然提到了“国务院交通主管部门”，但实际上它可能指代的是交通运输部或其他相关部委，而这些部门的权限通常不足以制定全国性的收费公路管理办法。此外，该选项表述较为模糊，不如“国务院”明确，故C选项不合适。

D. 收费公路经营管理者

收费公路经营管理者作为具体的运营单位，其职责是执行相关法律法规和管理办法，而非制定这些法规和管理办法。因此，D选项显然不合适。

综上所述，收费公路的具体管理办法应由国务院依照本法制定，因此正确答案是A。