查处以下哪些行为需要补收通行费并进行奖励的是

本题主要考察公路收费及监控员在查处特定违规行为时，哪些情况需要补收通行费并进行奖励。

我们来逐一分析各个选项：

A. 倒卡、倒货：倒卡通常指利用不同的通行卡（如ETC卡）来规避正常收费流程，而倒货则可能涉及利用车辆运输的货物进行不正当操作以逃避收费。这两种行为都直接影响了正常的收费秩序，因此需要补收通行费，并对查处此类行为的人员进行奖励，以鼓励其维护收费公正。

B. 货车小改大：这一行为通常指的是货车车主或驾驶员为了逃避更高的通行费用，而故意将车辆的车型或载重信息篡改为较低的标准。然而，在实际操作中，对于此类行为，往往是通过核查、纠正并补收相应差额费用来处理，而不一定直接进行奖励。此外，如果这种行为是出于无心之失或误解，则可能仅进行纠正和教育。

C. 假冒军车：假冒军车是严重的违法行为，不仅逃避了通行费用，还损害了军队的声誉和形象。对于此类行为，必须严格查处，补收通行费，并对查处人员给予奖励，以彰显法律的威严和公正。

D. 使用假免费证件：使用假的免费证件以逃避通行费用，同样是一种欺诈行为。对于此类行为，应依法查处，补收通行费，并对查处人员给予奖励，以维护收费秩序和公平正义。

E. 在绿色通道上假冒运输鲜活农产品车辆：绿色通道是为保障鲜活农产品快速、便捷运输而设立的，但一些不法分子却利用这一政策进行欺诈。对于在绿色通道上假冒运输鲜活农产品车辆的行为，必须严厉打击，补收通行费，并对查处人员给予奖励，以维护绿色通道的正常运行和政策的公正性。

综上所述，选项A、C、D、E均是需要补收通行费并进行奖励的行为。而选项B，虽然需要补收差额费用，但不一定直接进行奖励。

因此，正确答案是ACDE。