各参与方在要求时限内处理完毕异议工单并回复客户仍存异议的由各()进行判定。

这是一道关于公路收费及监控员职业技能的竞赛题目，主要考察在处理异议工单时的层级管理和判定流程。我们来逐一分析各个选项：

A. 省级稽核管理单位：在公路收费和监控体系中，省级稽核管理单位通常负责较高层级的监督、管理和裁决工作。当低层级单位（如收费公路经营管理单位）无法解决客户异议时，这些异议往往会提交到更高级别的单位进行进一步判定。因此，省级稽核管理单位作为更高级别的管理机构，有能力对仍存异议的工单进行最终判定。

B. 收费公路经营管理单位：这是直接与客户接触并处理日常收费和监控事务的单位。然而，题目明确指出“在要求时限内处理完毕异议工单并回复客户仍存异议”，说明收费公路经营管理单位已经进行了初步处理但未能解决客户的异议，因此它们不再是最终判定方。

C. 部中心：虽然部中心（可能指的是交通运输部或其下属的相关中心）在公路收费和监控体系中具有非常高的管理地位，但通常不直接参与具体的工单处理或异议判定工作，特别是针对地方性的异议工单。这些工作更多是由省级或更低层级的单位来承担。

D. 发行服务机构：发行服务机构主要负责ETC卡、高速通行卡等的发行和管理工作，与具体的异议工单处理关系不大。它们并不直接参与工单的判定或解决过程。

综上所述，当收费公路经营管理单位在要求时限内处理完毕异议工单并回复客户后，若客户仍存异议，这些异议应由更高层级的单位进行判定。在给出的选项中，省级稽核管理单位是最合适的判定方。

因此，答案是A. 省级稽核管理单位。