收费公路设置车辆通行费的收费站,应当报经()审查批准。

选项解析：

A. 国务院：国务院是中华人民共和国最高国家行政机关，负责国家行政事务的总体领导和管理。对于收费公路设置车辆通行费的收费站的具体审批，通常不会由国务院直接进行。

B. 省人民政府：根据《收费公路管理条例》，收费站的设置和管理权限属于省级行政区划的政府职责范围内。因此，省人民政府具有审批收费站设置的权力。

C. 省交通运输厅：省交通运输厅是省人民政府的工作部门，主要负责本行政区域内交通运输行业的行政管理。虽然省交通运输厅在收费公路管理中扮演重要角色，但审批收费站设置的权限不在其职责范围内。

D. 省发改委：省发改委负责本行政区域内的宏观经济管理、价格管理等，对于收费站的设置审批并非其主要职责。

为什么选B： 根据《收费公路管理条例》规定，收费公路的收费站设置需要由省级人民政府审查批准。因此，正确答案是B. 省人民政府。省人民政府具有审批收费站设置的法定权限，符合相关法规要求。