若发行服务机构对提交的争议申请同意记账的在系统中进行”确认记账”操作则该笔争议交易处理完毕系统将在()对其进行清分。

解析这道题目，我们首先要明确题目描述的场景和涉及的概念。题目描述的是发行服务机构在收到并同意处理某笔争议交易后，在系统中进行“确认记账”操作，并询问这一操作后系统将在何时进行清分。

现在我们来逐一分析各个选项：

A. 当日：如果选择“当日”，则意味着一旦进行了“确认记账”操作，系统就会立即在同一天内进行清分。但在实际业务处理中，尤其是涉及金融交易的系统，由于需要时间来处理和验证各种数据，以及可能需要与多个系统或机构进行交互，因此不太可能在同一日立即完成清分。

B. 次日：选择“次日”较为合理。这符合多数金融交易系统处理争议和清算的常规流程。即，一旦争议被确认并记账，系统会在次日进行统一的清分处理，以确保所有相关数据都已完整、准确地收集和处理。

C. 每自然日：这个选项意味着无论是否发生争议并进行了记账操作，系统都会在每一天都进行清分。这在实际操作中是不切实际的，因为清分通常是在特定条件下（如争议解决后）和特定时间点（如每天或每周的特定时间）进行的。

D. 每工作日：虽然这个选项比“每自然日”更合理一些，因为它排除了周末和节假日等非工作日，但仍然不是最符合题目描述的场景。因为题目问的是在某个特定操作（确认记账）之后何时进行清分，而不是按固定的工作日周期进行。

综上所述，选择B项“次日”最为合理。这是因为在争议交易被确认并记账后，系统通常会在下一个工作日（即次日）进行清分处理，以确保所有相关流程能够有序、准确地进行。