结构施工自（ ）层起，凡人员进出的通道口，均应搭设安全防护棚。

本题考察的是建筑施工中安全防护棚的搭设规定。

选项A，二层：根据建筑施工安全规范，结构施工自二层起，对于人员进出的通道口，为了保障施工人员的安全，必须搭设安全防护棚。这是为了防止高空坠物、施工器具掉落等安全隐患，保护通道口下方人员的安全。因此，A选项正确。

选项B，三层：此选项提出从三层开始搭设安全防护棚，但根据规定，安全防护应从二层起开始设置，以提前预防潜在的安全风险。故B选项错误。

选项C，四层：同样，此选项提出从更高层（四层）开始搭设，这不符合施工安全规范的要求，无法及时为施工人员提供必要的安全保护。故C选项错误。

选项D，五层：此选项更是远超出了规范要求的起始搭设楼层，无法保障低楼层施工人员的安全。故D选项错误。

综上所述，正确答案是A，即结构施工自二层起，凡人员进出的通道口，均应搭设安全防护棚。