3.1.55()对车主名下登记车辆未按规定时限办理转入的,机动车登记系统自动预警提示,督促车主办理转入,限制车主办理。

这道题考察的是机动车登记规定中关于车辆转入办理时限的相关规定及后果。

A. 所有机动车业务和驾驶证业务：这个选项错误，因为它扩大了限制的范围。根据规定，未按规定时限办理车辆转入，其影响应仅限于相关的机动车业务，而不应包括驾驶证业务。

B. 所有机动车业务：这个选项也不正确，因为它依然包含了一些与车辆转入无关的机动车业务。不是所有机动车业务都会因为车辆未按规定时限办理转入而被限制。

C. 仅限新车注册登记和转让登记业务：这个选项正确。根据规定，如果车主未在规定时限内办理车辆转入，那么系统会自动预警提示，并限制车主办理新车注册登记和转让登记业务。这是因为新车注册登记和转让登记业务与车辆转入直接相关。

D. 仅限新车注册登记业务：这个选项错误，因为它没有包括转让登记业务。根据规定，未办理转入的后果是限制与车辆登记相关的业务，包括新车注册登记和转让登记。

因此，正确答案是C，因为它准确地反映了相关法规对于未按规定时限办理车辆转入的后果，即限制办理新车注册登记和转让登记业务。