3.1.54关于机动车行驶证,不正确的是()。

选项A：证件专用章在紫外灯照射下呈现红色荧光，这是正确的。机动车行驶证的专用章确实采用了荧光防伪技术，其中就包括在紫外灯照射下显现特定颜色的荧光。

选项B：使用专用纸张，有开窗式彩色金属线和荧光纤维，这也是正确的。机动车行驶证为了增强防伪性能，通常采用含有特殊安全线的专用纸张，这些安全线包括开窗式彩色金属线和荧光纤维。

选项C：证芯主页和副页正面左右两侧底纹颜色为天(铁)蓝色，中间底纹颜色为红色，这是不正确的。实际上，机动车行驶证的底纹颜色通常是固定的，但具体颜色可能因版本不同而有所变化。该选项描述的颜色与实际颜色不符，因此是不正确的。

选项D：塑封套A页平安结中心几何图形颜色在蓝紫色和草绿色之间交互变化，这是正确的。机动车行驶证的塑封套上可能包含有特殊的变色或者变色图案作为防伪特征，该选项描述的现象是存在的。

因此，答案是C，因为选项C中描述的底纹颜色与实际机动车行驶证的颜色不符，是不正确的。其他选项描述的都是机动车行驶证上存在的防伪特征，是正确的。