398.中央政府对香港.澳门实行的各项方针政策,根本宗旨是维护国家().安全.发展利益,保持香港.澳门长期繁荣稳定。

这是一道关于中央政府对香港、澳门政策根本宗旨的选择题。我们需要分析各个选项，并结合相关政治常识来确定正确答案。

首先，我们梳理题干中的关键信息：

题目描述的是中央政府对香港、澳门实行的各项方针政策的根本宗旨。
这些政策的目的是维护国家的某些方面，同时保持香港、澳门的长期繁荣稳定。

接下来，分析各个选项：
A. 领土完整：虽然领土完整是国家安全的重要组成部分，但题干中强调的是方针政策的根本宗旨，而领土完整更多地是描述一种状态，不完全符合“根本宗旨”的表述。
B. 核心利益：核心利益是一个宽泛的概念，可能包括经济、政治、文化等多个方面。在此语境下，它不如其他选项具体，且未能直接体现中央政府对香港、澳门政策的核心目标。
C. 主权完整：主权是国家的基本属性，是国家的固有权利。中央政府对香港、澳门实行各项方针政策，其根本宗旨正是为了维护国家的主权完整，确保这两个特别行政区在国家主权下运作，同时保持其长期繁荣稳定。
D. 安全统一：安全统一虽然也是国家的重要目标，但在此语境下，“主权完整”更能准确反映中央政府对香港、澳门政策的根本宗旨。统一更多是指国家内部的政治统一，而主权完整则涵盖了国家在国际上的地位和权利。

综上所述，中央政府对香港、澳门实行的各项方针政策的根本宗旨是维护国家的主权完整，以确保这两个特别行政区的长期繁荣稳定。

因此，答案是C：主权完整。