列车全程停运退票。旅客列车全程停运，自客票系统列车停运调令生效之时起至所购车票乘车日期后30日内(含当日)，旅客可通过（），或前往任意车站在（），办理停运列车车票退票，不收取退票费。

旅客无法完成内地出境或香港入境手续时，由车站工作人员协助旅客乘坐就近列车返回内地车站，可在返程列车办理补票，不收手续费。

《广深港高速铁路跨境旅客运输组织规则》规定：持减价（特惠）车票乘车但不符合减价（特惠）车票使用条件的，补收应收票价与减价（特惠）票价差额，核收手续费，加收已乘区间应补票价50％的票款。

《广深港高速铁路跨境旅客运输组织规则》规定：持用低等级车票乘坐高等级席别时，除按规定补收所乘区间的票价差额外，还应核收手续费，并须加收已乘区间应补票价50%的票款。

香港西九龙站出发的旅客，其越站区间涉及广深港线路的，补收自车票发站至正当到站应收票价与已收票价的差额，核收手续费；

列车可以办理至香港西九龙站的越站

《广深港高速铁路跨境旅客运输组织规则》规定：旅客在车内要求变更席别时，变更后的席别票价高于原票价时，核收票价差额；低于原票价时，票价差额不予退还,均不收手续费。

《广深港高速铁路跨境旅客运输组织规则》规定：发生误乘、误降时，旅客应向站车工作人员提出。列车长应编制客运记录交前方停车站。车站指定最近列车免费送至正当到站。免费送回区段，旅客只可乘坐二等座车厢，不得中途下车。

《广深港高速铁路跨境旅客运输组织规则》规定：跨境车票退票费按5角计算，不足5角的部分舍去免收。

跨境车票办理退票时，在内地使用现金支付方式购买的车票，仅限通过内地渠道办理退票：在香港使用现金支付方式购买的车票，仅限在香港西九龙站办理退票。

《广深港高速铁路跨境旅客运输组织规则》规定：通过港铁公司提供的售票方式购票后未取票办理改签的，通过港铁公司电话购票热线购买的，可在该热线办理改签。