研发效能分析的常用分析方法有：

这是一道选择题，旨在识别研发效能分析的常用分析方法。我们将逐一分析每个选项，并解释为何它们被选作正确答案，同时排除不正确的选项。

A. 趋势分析：
趋势分析是一种常用的数据分析方法，用于观察数据随时间变化的趋势。在研发效能分析中，它可以用来监测研发效率、成本、质量等指标随时间的变化情况，从而帮助识别潜在的问题和改进点。因此，A项是正确答案。
B. 下钻分析：
下钻分析是一种深入探索数据细节的方法，通过层层深入，从宏观到微观地分析数据。在研发效能分析中，它可以帮助团队深入了解研发过程中的各个环节，发现具体问题所在，并采取相应的改进措施。因此，B项也是正确答案。
C. 关联分析：
关联分析用于发现数据之间的关联性，即一个变量与另一个变量之间的关系。在研发效能分析中，它可以用来识别不同研发活动之间的相互影响，以及它们对整体效能的贡献程度。因此，C项同样是正确答案。
D. 对比分析：
虽然对比分析在数据分析中广泛应用，用于比较不同数据集或时间段之间的差异，但在本题中，它并不是研发效能分析的“常用”分析方法之一，或者其应用不如其他选项普遍和直接。通常，对比分析更多地用于评估改进前后的效果，而在研发效能的日常分析中，可能更多地依赖于其他更细致的分析方法。因此，D项被排除。
E. 累积流图分析：
累积流图（Cumulative Flow Diagram, CFD）是一种可视化工具，用于展示工作流程中各个阶段的任务数量和状态随时间的变化。在研发效能分析中，它非常有用，因为它可以直观地显示研发过程中各个阶段的任务积压情况、流动速度和效率。因此，E项是正确答案。

综上所述，正确答案是A（趋势分析）、B（下钻分析）、C（关联分析）和E（累积流图分析），因为它们都是研发效能分析中常用的分析方法，而D（对比分析）虽然有用，但在此上下文中不如其他选项普遍和直接。