40.全国重要江河湖泊水功能区按照( )的原则选定。

选项解析：

A. 国家重要江河干流及其主要支流的水功能区：这个选项指的是对国家经济、社会发展和生态安全具有重大影响的江河干流及其主要支流的水域，这些区域的水资源保护和合理利用对国家的整体利益至关重要。

B. 重要的涉水国家级及省级自然保护区、国际重要湿地和重要的国家级水产种质资源保护区、跨流域调水水源地及重要饮用水水源地的水功能区：这个选项强调了在保护生物多样性、维护生态系统完整性和提供清洁饮用水源方面具有特殊意义的区域。

C. 国家重点湖库水域的水功能区，主要包括对区域生态保护和水资源开发利用具有重要意义的湖泊和水库水域的水功能区：选项C突出的是湖泊和水库对于区域生态保护和水资源的综合开发利用的重要性。

D. 主要省际边界水域、重要河口水域等协调省际用水关系以及内陆与海洋水域功能关系的水功能区：这个选项指的是在协调不同行政区之间用水关系以及内陆与海洋水域功能关系方面起到关键作用的水域。

为什么选择ABCD：

全国重要江河湖泊水功能区的选定原则涵盖了上述所有选项的内容，每一个选项都代表了一个重要的水功能区类别，它们共同构成了全国水功能区的完整体系。因此，选择ABCD是因为这些选项共同体现了国家在水资源管理、保护和利用方面的全面考虑，每一个原则都是必不可少的，确保了水资源的合理分配和有效保护。这样的选择符合水利工程高级工程师对水功能区划知识的掌握要求。