16继续科学推进实施调水工程,要坚持遵循规律,研判把握水资源长远供求趋势、区域分布、结构特征,科学确定工程规模和总体布局,处理好( )的关系,决不能逾越生态安全的底线。

选项解析：

A. 存量和增量：这个选项涉及的是水资源量的管理问题，即如何处理现有的水资源（存量）和未来可增加的水资源（增量）。虽然这在水资源管理中是一个重要考虑因素，但它并不直接涉及到生态安全的底线。

B. 整体和局部：这个选项关注的是水利工程在整体规划和局部实施之间的关系。整体规划与局部实施确实重要，但这个选项并没有直接提到生态安全的问题。

C. 发展和保护：这个选项强调了在推进调水工程时需要同时考虑经济发展和生态保护。实施调水工程时，确保生态系统的完整性和安全性是至关重要的，因此这个选项直接关联到题干中提到的“生态安全的底线”。

D. 利用和修复：这个选项涉及到水资源的利用及其生态系统的修复。在调水工程中，不仅要考虑如何高效利用水资源，还要考虑如何修复可能因工程而受损的生态系统，确保生态安全。

为什么选择CD： 选择C和D的原因是这两个选项直接关联到题干中提到的核心问题，即“生态安全的底线”。调水工程在促进经济发展的同时，必须确保生态系统的健康和可持续性。因此，“发展”与“保护”（C）以及“利用”与“修复”（D）的关系是实施调水工程时必须处理好的关键问题。选项A和B虽然也是调水工程中需要考虑的因素，但它们没有直接涉及到生态安全的底线问题，因此不是最佳答案。