几个公安机关都有权管辖的行政案件，由（）管辖。

本题考察的是公安机关在行政案件管辖中的规定。

首先，我们来逐一分析各个选项：
A项：共同的上一级公安机关。这一选项并未在《公安机关办理行政案件程序规定》中直接作为多个公安机关都有权管辖时的指定管辖者。在实际情况中，共同的上一级公安机关更可能扮演的是协调或指导的角色，而非直接管辖。

B项：最初受理的公安机关。根据《公安机关办理行政案件程序规定》第十条：“几个公安机关都有权管辖的行政案件，由最初受理的公安机关管辖。必要时，可以由主要违法行为地公安机关管辖”。这一条款明确指出了在多个公安机关都有权管辖时，最初受理的公安机关具有管辖权。

C项：主要违法行为地公安机关。虽然主要违法行为地公安机关在行政案件中扮演重要角色，但在此情况下，它并非首选的管辖机关，而是在必要时才由主要违法行为地公安机关管辖。

D项：违法行为人居住地公安机关。此选项并未在相关法条中作为多个公安机关都有权管辖时的指定管辖者，因此可以排除。

综上所述，当几个公安机关都有权管辖的行政案件发生时，根据《公安机关办理行政案件程序规定》，应由最初受理的公安机关进行管辖。

因此，正确答案是B项：最初受理的公安机关。