飞行管制部门对违反飞行管制规定的航空器，可以根据情况责令改正或者停止其飞行。

**解析：** 根据《中华人民共和国飞行基本规则》及相关航空法律法规的规定，飞行管制部门负责维护飞行秩序，保障飞行安全。对于违反飞行管制规定的航空器，飞行管制部门有权根据违规情节的严重程度和具体情形，采取相应的处置措施。这些措施通常包括责令立即改正违规行为，以及在必要时命令其停止飞行、返航或迫降等，以消除安全隐患，确保空中交通安全有序。 因此，题干所述“飞行管制部门对违反飞行管制规定的航空器，可以根据情况责令改正或者停止其飞行”符合法律规定和实际管理要求。 **结论：正确**