办理下列行政案件过程中，超过追究时效的是（）。

解析：根据《治安管理处罚法》第22条规定，违反治安管理行为在六个月内没有被公安机关发现的，不再处罚。根据《办理行政案件程序规定》第154条规定，违反治安管理行为在六个月内没有被公安机关发现，其他违法行为在二年内没有被公安机关发现的，不再给予行政处罚。前款规定的期限，从违法行为发生之日起计算，违法行为有连续、继续或者持续状态的，从行为终了之日起计算。被侵害人在违法行为追究时效内向公安机关控告，公安机关应当受理而不受理的，不受本条第一款追究时效的限制。A选项，黄某在被甲殴打后随即报案，但公安机关以无证据未受理，不受追究时效的限制，故A未过追究时效；B选项中乙行为终了之日为5月，8月被抓获，未过追究时效；C选项中被害人被盗窃后即向公安机关报案，不受追究时效限制；D选项中，丁的违法行为于10月发生，次年9月被发现，期间未向公安机关报案，已超过6个月，故过追究时效。综上，本题选D。