当兴建日取水量（）吨以上大型地下水集中供水水源地的建设项目时，水利部或流域管理机构需要对其 建设项目水资源论证报告书进行审查。

这是一道关于水资源管理和建设项目审查标准的题目。我们需要根据水利工程管理的相关规定，判断哪个选项是水利部或流域管理机构在审查大型地下水集中供水水源地建设项目水资源论证报告书时的日取水量门槛。

首先，我们梳理题干中的关键信息：

审查主体：水利部或流域管理机构。
审查对象：日取水量达到一定标准的大型地下水集中供水水源地的建设项目。
需要确定的是日取水量的具体门槛。

接下来，我们逐一分析选项：
A. （A）2万：这个选项的日取水量门槛较低，不符合大型地下水集中供水水源地建设项目的常规审查标准，因此可以排除。
B. （B）5万：这个选项的日取水量适中，且根据水资源管理的相关规定，通常这样的取水量会被视为需要严格审查的大型建设项目，符合题目要求。
C. （C）10万：虽然这个取水量也很大，但在此问题的语境下，它超过了实际审查的门槛，说明该选项的设定过于严格，不符合题目中“大型地下水集中供水水源地”的常规理解，因此可以排除。
D. （D）50万：这个取水量极大，远超出了一般意义上的大型地下水集中供水水源地的日取水量，显然不是本题所指的审查门槛，故排除。

综上所述，根据水资源管理的相关规定和题目描述，水利部或流域管理机构在审查大型地下水集中供水水源地建设项目水资源论证报告书时，所采用的日取水量门槛应为5万吨。因此，正确答案是B.（B）5万。