取水许可证及取水许可证申请书格式，由（）统一制作。

解析如下：

题目询问的是“取水许可证及取水许可证申请书格式”的制定单位。根据《中华人民共和国水法》以及相关的水资源管理规定，取水许可证及其申请书格式是由国务院水行政主管部门负责统一制作的。

各选项分析：

A. 国务院：国务院是我国最高行政机关，但它通常负责政策的宏观指导，并不直接参与具体事务的格式制定。
B. 国务院水行政主管部门：根据我国的水资源管理制度，具体来说是水利部，负责水资源的具体管理工作，包括取水许可制度的设计与实施，因此该选项正确。
C. 国家发展计划委员会（现称国家发展和改革委员会）：主要职责是国民经济和社会发展的规划制定等宏观调控工作，而非具体的水资源管理事务。
D. 地方水行政主管部门：地方水行政主管部门负责本地区的水资源管理和监督执行，但是全国统一的取水许可证格式需要由中央层面来制定，以保证一致性。

因此，正确答案为B，即国务院水行政主管部门。